Le SMBL est administré par un comité syndical composé de représentants des communautés de communes membres.
En 2018, le Syndicat Mixte Bassin du Lay (SMBL) est devenu un syndicat mixte à la carte qui exerce la compétence Gestion des Milieux aquatiques et Prévention des Inondations (GEMAPI) instaurée par la loi de modernisation de l’action publique territoriale et l’affirmation des métropoles (MAPTAM) du 27 janvier 2014. Cette évolution de ses statuts fait suite à une réflexion menée depuis 2017 sur la simplification de la gouvernance de cette compétence à l’échelle du bassin versant du Lay. Cette concertation a conduit à l’adhésion du Syndicat mixte SYNERVAL au 1er janvier 2020. Ce Syndicat couvrait auparavant une grande partie de l’amont du bassin.
Depuis le 1er janvier 2020, le SMBL compte ainsi parmi ses membres les Communauté de Communes Sud Vendée Littoral, Vendée Grand Littoral, le Pays de Chantonnay, le Pays des Herbiers, le Pays de Pouzauges, le Pays de St Fulgent-Les Essarts et le Pays de Fontenay-Vendée.
Le périmètre du Syndicat s’étend sur 80% du bassin versant (soit 1 580 km²) et concerne 82 des 111 communes du bassin.
Les associations syndicales de marais sont associées, à titre consultatif, aux missions du Syndicat Mixte.
Ces associations syndicales autorisées réunissent les propriétaires des différents marais présents sur le territoire. Elles ont été créées à l'origine pour assainir les marais. Aujourd'hui, ces associations ont pour missions l'exécution des travaux relatifs à la réhabilitation et l'entretien des canaux collectifs des marais, et des ouvrages hydrauliques.
Dans le cadre du CTMA, le SMBL peut intervenir :
Etablissement Public du Marais Poitevin : www.epmp-marais-poitevin.fr
Observatoire Départemental de l’eau : www.vendee.fr
Syndicat départemental d’alimentation en eau potable de la Vendée : www.vendee-eau.fr
Agence de l'eau Loire Bretagne : www.eau-loire-bretagne.fr
Parc Naturel du marais Poitevin : www.parc-marais-poitevin.fr
Gest’eau : www.gesteau.eaufrance.fr
